『Primer3Plus』など３種のプライマー設計ソフトの比較レビュー

■Primer3Plus■(http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi)

このプライマー設計ソフトの特長：
このサイトに行くと、そのまますぐにプライマー設計があらゆるタスクごとに可能になっています。Primer3の機能をそのままに、プライマーの品質チェック機能も追加されたアドバンス版。わかりやすい画面でインターフェースも向上されていて使いやすいでしょう。
可能なタスクは、Detection、Cloning、Sequencing、Prime_List、Primer_Checkの５つです。
ソースコードやヘルプのページも充実しています。



■Primaclade■(http://www.umsl.edu/services/kellogg/primaclade.html)

このプライマー設計ソフトの特長：
ウェブ上でプライマー設計ができるサイトです。入力する塩基配列は、複数のマルチプルアライメントされたものです。
先に紹介したプライマー設計ソフトであるPrimer3Plusで設計されたプライマーセットと、アライメントを結びつけて設計を行います。



■LNAtools■(http://lnatools.com/)

このプライマー設計ソフトの特長：
こちらのサイトでは、オンライン上で、５種類の計算を実行できます。プローブのTm値の計算のみならず、２次構造を予測したり、マイクロアレイで発現解析したりできますから、多彩な機能が大きな特長と言えるでしょう。
その他、RT-PCR、SNPのジェノタイピングのプローブの設計なども実行可能。
Tm prediction、LNA spiked oligo self hybridization and secondary structure prediction、OligoDesign、SNPDesignなどで、それぞれ設計、計算ができます。

『MutaPrimer for Windows』など３種のプライマー設計ソフトの比較レビュー

■MutaPrimer for Windows ■(http://www.premierbiosoft.com/crm/jsp/com/pbi/crm/clientside/ProductList.jsp)

このプライマー設計フリーソフトの特長：
プライマー設計ソフトがダウンロードできるサイトです。　フリーソフトである『MutaPrimer for Windows』ページのは下の方に掲載されています。
チュートリアルも同じようにダウンロードできるので使いやすいでしょう。このサイトで紹介されているプライマー設計シェアソフトは、GUIで操作できるのですが、まずはフリーソフトで使い勝手を検証してみたいですね。



■PrimerStation■(http://ps.cb.k.u-tokyo.ac.jp/mquery.php?language=ja)

このプライマー設計ソフトの特長：
やっと日本語でプライマー設計ができるサイト（東京大学が提供）を見つけました。
WEB上でプライマー設計を行うことができる無料アプリケーションです。
全部のヒトゲノムに対応しており、特に特異性の高いプライマーセットを計算することができるのがうれしいですね。
また、使用中、いくつかの経験則を追加してプライマー設計することもできますから、長く使えば使うほど、このアプリケーションの便利さを体感できるのではないでしょうか。



■FastPCR■(http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/Programs/download.htm)

このプライマー設計フリーソフトの特長：
ヘルシンキ大学が提供するプライマー設計ができるフリーソフトです。RT-PCR、long PCRなど、いろいろなPCRのプライマー設計が可能。　PCRのシミュレーション機能で、プライマーの配列増幅が可能かどうかの確認もできます。