『Primer3Plus』など３種のプライマー設計ソフトの比較レビュー

■Primer3Plus■(http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi)

このプライマー設計ソフトの特長：
このサイトに行くと、そのまますぐにプライマー設計があらゆるタスクごとに可能になっています。Primer3の機能をそのままに、プライマーの品質チェック機能も追加されたアドバンス版。わかりやすい画面でインターフェースも向上されていて使いやすいでしょう。
可能なタスクは、Detection、Cloning、Sequencing、Prime_List、Primer_Checkの５つです。
ソースコードやヘルプのページも充実しています。



■Primaclade■(http://www.umsl.edu/services/kellogg/primaclade.html)

このプライマー設計ソフトの特長：
ウェブ上でプライマー設計ができるサイトです。入力する塩基配列は、複数のマルチプルアライメントされたものです。
先に紹介したプライマー設計ソフトであるPrimer3Plusで設計されたプライマーセットと、アライメントを結びつけて設計を行います。



■LNAtools■(http://lnatools.com/)

このプライマー設計ソフトの特長：
こちらのサイトでは、オンライン上で、５種類の計算を実行できます。プローブのTm値の計算のみならず、２次構造を予測したり、マイクロアレイで発現解析したりできますから、多彩な機能が大きな特長と言えるでしょう。
その他、RT-PCR、SNPのジェノタイピングのプローブの設計なども実行可能。
Tm prediction、LNA spiked oligo self hybridization and secondary structure prediction、OligoDesign、SNPDesignなどで、それぞれ設計、計算ができます。

『MutaPrimer for Windows』など３種のプライマー設計ソフトの比較レビュー

■MutaPrimer for Windows ■(http://www.premierbiosoft.com/crm/jsp/com/pbi/crm/clientside/ProductList.jsp)

このプライマー設計フリーソフトの特長：
プライマー設計ソフトがダウンロードできるサイトです。　フリーソフトである『MutaPrimer for Windows』ページのは下の方に掲載されています。
チュートリアルも同じようにダウンロードできるので使いやすいでしょう。このサイトで紹介されているプライマー設計シェアソフトは、GUIで操作できるのですが、まずはフリーソフトで使い勝手を検証してみたいですね。



■PrimerStation■(http://ps.cb.k.u-tokyo.ac.jp/mquery.php?language=ja)

このプライマー設計ソフトの特長：
やっと日本語でプライマー設計ができるサイト（東京大学が提供）を見つけました。
WEB上でプライマー設計を行うことができる無料アプリケーションです。
全部のヒトゲノムに対応しており、特に特異性の高いプライマーセットを計算することができるのがうれしいですね。
また、使用中、いくつかの経験則を追加してプライマー設計することもできますから、長く使えば使うほど、このアプリケーションの便利さを体感できるのではないでしょうか。



■FastPCR■(http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/Programs/download.htm)

このプライマー設計フリーソフトの特長：
ヘルシンキ大学が提供するプライマー設計ができるフリーソフトです。RT-PCR、long PCRなど、いろいろなPCRのプライマー設計が可能。　PCRのシミュレーション機能で、プライマーの配列増幅が可能かどうかの確認もできます。

『PrimerExplorerV3,V4』など３種のプライマー設計ソフトの比較レビュー

■PrimerExplorerV3,V4■(http://primerexplorer.jp/index.html)

このプライマー設計ソフト提供サイトの特長：
PrimerExplorerは、検出作業工程の大幅に短縮できる技術であるLAMP法専用のプライマー設計ソフトです。
このサイトにあるバージョン３あるいは４の起動ボタンさえ押せば、個人のパソコンにダウンロードしなくてもウェブ上で使えるソフトです。Tm値計算方法はとしてはnearest-neighbor法を採用しています。



■PCR Primers■(http://www.igm.hokudai.ac.jp/crg/PCRprimers.html)
このプライマー設計ソフト提供サイトの特長：
北海道大学内にある遺伝子病制御研究所の病因研究部門癌関連遺伝子分野のサイトです。
PCRプライマーの設計について、指針やコツなどの情報が提供されています。
PCRプライマー設計がオンラインでできるサイトの紹介も、ページの下の方にあります。
Tm値についての説明もありますし、サイト自体がPCRプライマーにきわめて有用な情報ばかりを網羅しています。
プライマー設計についての質問などもメールでできるようなので、ぜひ参考にしてみてください。



■CODEHOP■(http://blocks.fhcrc.org/codehop.html)

このプライマー設計ソフト提供サイトの特長：
コンセンサス配列でプライマー設計をオンライン上で実行できるサイトです。
degenerate PCRのプライマー設計も可能ですから、アミノ酸配列で遺伝子をクローニングするのに役立つでしょう。
使い方も簡単で、マルチプルアライメントしたアミノ酸配列群を入力すると、プライマー設計をしてくれます。
このサイトを利用してプライマー設計を行う人も多いようですので、信頼性はありますね。

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